La basilica è composta da due edifici sovrapposti e rappresenta uno dei complessi religiosi più significativi di Verona. La chiesa inferiore fu costruita dai Benedettini tra il 1065 e il 1143, sui resti di un antica costruzione dedicata a S. Fermo e S. Rustico. La chiesa superiore fu riedificata in stile gotico nel XIV secolo, ad opera dei Francescani. La facciata gotica è divisa in due parti da una galleria d’archetti. La parte inferiore è in tufo e appartiene all’antica chiesa romanica; quella superiore invece ha un rivestimento murario a fasce alternate di tufo e cotto, su cui si aprono quattro alte monofore trilobate. Il portale romanico alla sommità della scalinata ha profonda strombatura a cordoni multipli; nella parte superiore è collocata una statua di S. Francesco, del XV secolo. La porta bronzea di Luciano Minguzzi è moderna (1984-88). Il bel portale laterale ad arco acuto e marmi policromi (1363) è decorato da sculture del XIV e XV secolo ed è preceduto da un ampio protiro del XV secolo. Molto bello è il complesso absidale, affacciato su un giardino vicino all’Adige. Le due absidi laterali semicircolari, ornate da piccole lesene, sono romaniche; l’abside centrale poligonale si innalza su base romanica, ma presenta forme gotiche, con contrafforti coronati da guglie e frontoni. L’interno della chiesa superiore è ad un’unica ampia navata a croce latina, con cinque absidi e altari laterali ed è coperto da un prezioso soffitto ligneo carenato. Le pareti e le cappelle sono ornate da numerosi elementi decorativi. Numerose sono le opere pittoriche che vanno dal XIII sec. al XVII sec. Il frammento dell’affresco con angeli musicanti di Stefano da Zevio, diversi dipinti di Domenico Brusasorci, la pala Maria e i santi di Giovan Francesco Caroto, l’affresco della Crocifissione attribuito a Turone, ma anche le opere di Francesco Torbido, di Battista del Moro, di Lorenzo Veneziano, di Liberale da Verona e di Alessandro Turchi (l’Orbetto). Sono presenti alcune sculture giovanili di Michele Sanmicheli e un altare che riprende la struttura dell’arco trionfale, sempre dello stesso autore. Ma l’opera più spettacolare è il monumento Brenzoni (1427-39) capolavoro di scultura e pittura tardogotica. Il sarcofago è sospeso sulla parete tramite un supporto di finte rocce ed è circondato da statue raffiguranti la Resurrezione di Cristo di Nanni di Bartolo. Sullo sfondo del monumento, il dipinto dell’Annunciazione di Pisanello, sopra cui si trovano gli affreschi di S. Michele e S. Raffaele, sempre di Pisanello.
Dal transetto, si passa al chiostro romanico da cui si accede alla chiesa inferiore, edificio romanico a croce latina con 3 navate, sostenute da numerosi pilastri (con capitelli medievali); alle pareti e sui pilastri, interessanti affreschi del XI-XIII secolo.
